与种系渐变论(认为适应性自然选择对随机点突变起关键调控作用)相反，上述间断平衡理论所提出的跃变性物种起源不是适应性的。隔离种群繁衍伴随大量快速跃变性基因突变发生在先，而并非自然选择适应的结果。古尔德甚至争辩道，尽管跃变性物种形成也为随后的自然选择提供了物质基础，但这两种理论实在是大相径庭的。种系渐变论认为，点突变导致局部种群拥有变异遗传因子，这个过程是连续不断的、极其缓慢的，通过自然选择而呈适应性的。而间断平衡理论则认为，跃变性的新物种形成是不连续和非适应性的，自然选择只是起了辅助性的作用。