1840年以后，我国沦为半殖民地半封建社会，帝围主义的文化侵略，反动政府的媚外求荣，对中医学采取了歧视以至消灭的措施，严重地阻碍了中国医学的发展。因此，这一时期虽仍有一些较好的医药著作出现，临证各科也取得了一些成就，但从医学史上来看，成绩是不够的，发展也是相当迟缓的。
随着帝国主义的文化侵略，西洋医学大量传入我国，由于帝国主义一直把西洋医学作为文化侵略的工具之一，奴化我国人民，再加上历代统治阶级的黑暗腐朽，不但不知吸收其科学知识，使西洋医学得到应有的发展，反而进行宗派把持，制造纠纷，利用西洋医学排斥中医学，在中医学术思想上造成混乱。因此，有些人提出“中西汇通”、“中医科学化”的口号，甚至还有人提出改良中医的主张，实际上成了”废医存药”……