在选择基金管理人上，耶鲁捐赠基金把品格作为第一位的筛选标准，防止投资管理机构与最终受益人的利益背离。
在此基础上，它注重投资管理公司的利益结构，并通过适当的激励机制来激发投资管理公司和投资专家的能动性和效率，使之与耶鲁大学的长期发展目标结合起来，敢于选用事业刚刚起步的投资经理。