如前所述，经自然选择积累起来的连绵不断的单元基因突变，是种系渐变论的基础。而今新的理论可以解释时断时续的、呈跳跃式的进化现象。边缘隔离种群只需几个世代的时间就能导致物种形成所需的重大染色体变化。因此，物种的形成可能更依赖于基因调节和重排，而不像种系渐变论所认为的依赖于基因突变产生新基因。而且重大表型变化可能是由调节性基因定时作用的变化引起的，从而导致新物种的形成。