50多年前，人们就知道了抗生素使用会引起腹泻。直到20世纪70年代后期，人们才意识到艰难梭状芽孢杆菌是主要致病原，而且大多数案例发生在已经住院的人们身上。这是有道理的，因为这些患者接触到抗生素的比例更高。此外，艰难梭状芽孢杆菌形成的孢子会散布到空气里。因此，在患者集中的医院里，到处都可能感染上艰难梭状芽孢杆菌。检测表明，医院里往往都有一种主要的艰难梭状芽孢杆菌，但也有时候有好几种菌株。不过，大多数艰难梭状芽孢杆菌都对抗生素敏感，一次抗生素使用足以抑制它们引起的感染。