牛顿的化学实验也就是世俗所说的17世纪流行于欧洲的炼金术，但他并不是为了炼黄金，而是为了获取各种金属的转变规律。牛顿的炼金研究秘密地保守了一生。按照英国当时的法案规定，私自炼制金银是重罪。因此，他的许多炼金心得手稿都是后来才被发现。其著名的化学论文《论酸的性质》就诞生于这一时期。