但是元帝国在联合各地区的问题上有一个致命的弱点。各个地区自行其是，各自为政，一旦作为统治力量基础的蒙古游牧军队由于一些原因被削弱，帝国就必将分崩离析，实际情况也正是如此。支那地区建立了明朝。蒙古高原和准噶尔草原由北元统治。满洲也由明朝统治，朝鲜半岛上则建立起独立的李氏朝鲜王朝。随着元末察合台汗国分裂为东西两部分，东土耳其斯坦成为东察合台汗国的领土。